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食品加工的目的可延长食品存储时间，改善感官性状，增加食品多样性，提供健康所需的营养素，为制造商提供利润。食品加工对食品中农药残留的水平也有影响，大多数情况下，加工进程可在一定程度上降低食品中的农药残留水平，如清洗、去皮、榨汁等；但在某些加工进程中，如枯燥等，因为受食物中水分蒸发等要素的影响，使得某些农药的残留水平升高。因此，还食品加工过程中还需要使用农药残留测定仪对加工的食品进行农药残留检测，以保证食品中的农药残留符合国家限定标准。

使用农药残留测定仪一方面可帮助消费者选购健康安全的食品，降低食品安全的风险；另一方面对食品加工的公司起到约束的作用，为了增加收益，生产健康安全的食品，降低农药残留含量，严禁生产加工农药残留含量过高的食品，保证健康食品的流通。